متن نامه خمینی و دستور قتل عام زندانیان سیاسی در تابستان ۶۷:

"بسم الله الرحمن الرحيم

از آنجا كه منافقين خائن به هيچ وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه مىگويند از روى حيله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پيدا كردهاند، و با توجه به محارببودن آنها و جنگهاى كلاسيك آنها در شمال و غرب و جنوب كشور با همكاريهاى حزب بعث عراق و نيز جاسوسى آنان براى صدام عليه ملت مسلمان ما، و با توجه به ارتباط آنان با استكبار جهانى و ضربات ناجوانمردانه آنان از ابتداى تشكيل نظام جمهورى اسلامى تاكنون، كسانى كه در زندانهاى سراسر كشور بر سرموضع نفاق خود پافشارى كرده و مىكنند محارب و محكوم به اعدام مىباشند و تشخيص موضوع نيز در تهران با راى اكثريت آقايان حجهالاسلام نيرى دامت افاضاته (قاضى شرع) و جناب آقاى اشراقى (دادستان تهران) و نمايندهاى از وزارت اطلاعات مىباشد، اگر چه احتياط در اجماع است، و همين طور در زندانهاى مراكز استان كشور راى اكثريت آقايان قاضى شرع، دادستان انقلاب و يا داديار و نماينده وزارت اطلاعات لازمالاتباع مىباشد، رحم بر محاربين سادهانديشى است، قاطعيت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول ترديدناپذير نظام اسلامى است، اميدوارم با خشم و كينه انقلابى خود نسبت به دشمنان اسلام رضايت خداوند متعال را جلب نمائيد، آقايانى كه تشخيص موضوع به عهده آنان است وسوسه و شك و ترديد نكنند و سعى كنند [اشداء على الكفار] باشند. ترديد در مسائل قضائى اسلام انقلابى ناديده گرفتن خون پاك و مطهر شهدا مىباشد. والسلام.

روحالله الموسوى الخمينى "

در پشت نامه بالا احمد پسر خمینی نوشته است :

" پدر بزرگوار حضرت امام مدظلهالعالى

پس از عرض سلام، آيت الله موسوىاردبيلى در مورد حكم اخير حضرتعالى درباره منافقين ابهاماتى داشتهاند كه تلفنى در سه سوال مطرح كردند:

۱- آيا اين حكم مربوط به آنهاست كه در زندانها بوده اند و محاكمه شده اند و محكوم به اعدام گشته اند ولى تغيير موضع ندادهاند و هنوز هم حكم در مورد آنها اجرا نشده است، يا آنهايى كه حتى محاكمه هم نشدهاند محكوم به اعدامند؟

۲- آيا منافقين كه محكوم به زندان محدود شده اند و مقدارى از زندانشان را هم كشيده اند ولى بر سرموضع نفاق مىباشند محكوم به اعدام مىباشند؟

۳- در مورد رسيدگى به وضع منافقين آيا پروندههاى منافقينى كه در شهرستانهائى كه خود استقلال قضائى دارند و تابع مركز استان نيستند بايد به مركز استان ارسال گردد يا خود مىتوانند مستقلا عمل كنند؟

فرزند شما، احمد "

زير اين نامه خمینی نوشته است:

"بسمه تعالى

در تمام موارد فوق هر كس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حكمش اعدام است، سريعا دشمنان اسلام را نابود كنيد، در مورد رسيدگى به وضع پروندهها در هر صورت كه حكم سريعتر انجام گردد همان مورد نظر است.

روحالله الموسوى"